Bitkiler yalnız büyük hayvanlar tarafından yenilmekle kalmazlar, böcekler, parazit mantarlar ve virüsler gibi daha küçük organizmaların da saldırısına uğrarlar. Böcekler bitkilerin yapraklarını, tomurcuklarını ve öbür kısımlarını yer, beslenmek ya da yuva olarak kullanmak üzere odun dokusunda delikler açarlar. Bitki bitleri gibi bir kısım böceklerde iletim borularından geçerek besin suyunu emerler. İçine girerek hücrelerde gelişirler ve besinlerinin buradan alırlar, virüsler ise, girdikleri hücreleri çoğu kez öldürürler.
Bunlarla savaş için şartlara göre değişen çeşitli metotlar ve çarelerden faydalanmaktadır. Bazı hallerde tarım ıslahı yeterli olur. Bazende saldırıya uğramış bitkilere zarar vermeyen ve yalnız zararlı organizmayı öldüren bir takım kimyevi ilaçlar kullanılır. Kullanılan başka bir metot da zararlı organizmaya düşman olduğu bilinen başka bir organizmayı onlarla savaşa sevk etmektir. Nihayet bu gibi zararlı organizmalara karşı dayanıklı ve bağışıklığı olan (immun) bitki çeşitleri yetiştirilmeye çalışılır.